兼顧花蓮地區河防安全，經濟部水利署年年辦理疏濬無間斷，經統計自90年至100年辦理花蓮地區中央管河川總疏濬量為3,666萬立方公尺，平均年疏濬量為333萬立方公尺。水利署表示本年度又再辦理花蓮溪、壽豐溪、馬鞍溪及秀姑巒溪等7件疏濬工程，已疏濬147萬立方公尺，目前持續辦理中。
水利署進一步表示，每年10月至12月間，都會依據河床沖淤變化情形，及兼顧河防安全前提下滾動檢討研提三年期疏濬評估計畫辦理疏濬。至傅崑萁縣長所提河川疏濬之建議，水利署將審慎檢討，並進一步邀請縣政府及業者開會研商後積極協助辦理。
此外，礦物局亦指出，國內砂石供應存在區域性失衡現象，尤其以北部地區為最，88風災後河川釋出大量砂石，近3年砂石進口年平均量仍有1,161萬立方公尺，分別佔砂石年平均需求量5,731萬立方公尺的20.3％、年平均供應量的19.1％，顯示進口砂石主要功能在於調節區域性砂石供應的不足及平抑砂石價格，倘禁止砂石進口恐影響供需穩定及造成價格飆漲。
礦物局表示，南部地區雖有大量庫存砂石，但經評估結果，即使透過成本最低的海運供應北部地區，其最終上岸價格仍高出進口砂石33％，基於穩定物價考量，現階段尚屬不宜。惟為積極協助解決花蓮地區砂石供過於求問題，經濟部砂石供需問題專案小組已於99年11月25日決議開放花蓮砂石專案許可出口，除東砂北運供應北部地區需求所剩餘砂石，均可申請出口。為提升東砂北運營運績效，亦多次邀集業者研商，積極推動辦理中。
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