本分署轄管花蓮溪水系、秀姑巒溪水系及一般性海堤與海岸保護工計24座，行政區域包括花蓮縣全境及台東縣池上鄉與海端鄉之一部份。南北長約140公里，東西寬約27～43公里，區內西有中央山脈、地勢陡峻、高山林立，東有海岸山脈高在200～600公尺之間，兩山脈間之縱谷平原為精華地區，惟平均面積僅佔約13%，其中河川即佔6%左右，故河川縱橫，治山防洪為本縣主要課題。
轄管中央管河川均源出中央山脈，流入太平洋。
花蓮溪水系位於本區中段，發中央山脈拔子山，出谷後轉北，匯集馬佛溪、光復溪(含南清水溪)、馬太鞍溪、萬里溪、鳳林溪、北清水溪、壽豐溪、荖溪、及木瓜溪等10條主次要支流後，於花蓮縣吉安鄉境注入太平洋。流域行政區包括花蓮溪境內之光復、萬榮、鳳林、壽豐、吉安、秀林等6鄉鎮。
秀姑巒溪水系位於本區南段，發源於中央山脈崙天山，出谷後轉北，集大坡溪、鱉溪、螺仔溪、九岸溪、崙天溪(含秀巒溪)、馬加祿溪、安通溪、阿眉溪、樂合溪、樂樂溪(含清水溪)、石公溪、卓溪、高寮溪、豐坪溪(含中平溪)、呂範溪、苓雅溪、紅葉溪及富源溪(含富興溪、太多蘭溪、大肚滑溪及阿夜西溪) 等25條主次要支流後，於瑞穗鄉東折穿越海岸山脈，經大港口流入太平洋。流域涵蓋花蓮縣富里、卓溪、玉里、瑞穗、萬榮、光復、豐濱、台東縣海端及池上等9個鄉(鎮、市)行政區。