本分署現行組織依據行政院核定施行之「經濟部水利署各河川分署組織準則」，組織架構為
1.置分署長一人綜理分署署務，並指揮監督所屬員工；副分署長一人，襄助分署署務。
2.置主任工程司一人，襄助分署長、副分署長處理分署署務。
3.置秘書一人，綜核文稿。
4.設規劃、工務、管理、資產等四科，分別掌理業務有關事項。
5.依法設置秘書室、人事室、政風室、主計室等四室，分別掌理行政有關事項。