成立於民國三十六年四月原定名台灣省建設廳水利局花蓮工程處設主任一人下設工務、材料、總務、會計等四課辦理花蓮縣境內防洪灌溉等水利工程。於四十六年三月改制更名為台灣省水利局第九工程處。台灣省政府七十年五月十一日府人一字第29605號令「台灣省水利局第九工程處組織規程」成立。
本局現行組織於八十七年元月廿三日依台灣省政府八十六年十二月十八日府人一字第174585號函辦理，改制為「台灣省第九河川局」，本局局長、副局長外分設四課二室及人事室，並視實際需要隨時成立工務所、測設隊等。目前編制共有職員53人、技工8人、駕駛3人、工友3人、駐警7人、約僱2人 ，總計76人。民國88年07月奉准更名為“經濟部水利處第九河川局”改隸屬經濟部水利處,民國91年03月28日奉准更名為“經濟部水利署第九河川局”隸屬經濟部水利署，依據組織規程，本局設：規劃課、工務課、管理課、資產課、主計室、秘書室、人事室、政風室。