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依據經濟部水利署組織法第五條第二項規定,各河川分署掌理事項:執行轄區防洪、排水與禦潮之規劃設計、治理及管理事項。

課室名稱 業務內容
規劃科 一、中長程及年度業務計畫之彙整。
二、河川治理、區域排水改善與禦潮工程之調查規劃及治理計畫之擬訂與檢討。
三、水道治理計畫線與用地範圍線之劃定及調整變更。
四、各項水文與地下水觀測站之維護、管理、資料蒐集、統計分析及成果報告編撰。
五、防汛與洪水預報資料之蒐集、統計及陳轉。
六、其他有關規劃事項。
工務科 一、年度工程計畫之擬訂、提報及執行。
二、各項防汛、搶險、搶修與復建工程之擬訂、提報及執行。
三、工程契約書及工程經費預算之處理。
四、水利工程技術之研究。
五、工程之施工、監造、驗收及移交。
六、工程變更設計、申請工程延期之擬議及陳報。
七、工程進度之控管與工程品質之研究、試驗及控制。
八、施工期間水災防治、職業安全衛生及施工環境保護之審議及處理。
九、防汛材料之製作及管理。
十、其他有關工務事項。
管理科 一、河川區域、海堤與區域排水設施範圍使用申請案之受理、審核、許可、廢止及撤銷。
二、河川區域、海堤、區域排水設施範圍之巡防與違法案件之查報、取締及處分。
三、河川、區域排水疏濬工程計畫之擬訂、提報及執行。
四、河川、海堤與區域排水空間之利用及維護管理。
五、河川區域、海堤區域與區域排水設施範圍之管理、勘測、劃定及調整變更。
六、河川、海堤與區域排水水門之維護操作及管理。
七、抽水機組之運轉、調度及支援。
八、愛護河川、排水、海岸及防汛之宣導。
九、其他有關河川、海堤及區域排水管理事項。
資產科 一、公有土地撥用計畫之擬訂及執行。
二、水利用地地籍清查、管理及河川浮覆地之處理。
三、河川私有地之處理及重劃業務之配合執行。
四、水利工程用地調查、徵收、價購等計畫之擬訂及執行。
五、都市及非都市土地使用計畫之變更。
六、資訊系統、資訊安全與資訊設備之規劃、建置、管理及維護。
七、其他有關資產事項。
秘書室 一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡、媒體公關事務之規劃、研擬及執行。
四、工友(含技工、駕駛)之管理。
五、不屬其他各科、室、中心事項。
主計室 主計室掌理分署歲計、會計及統計事項。
人事室 人事室掌理分署人事事項。
政風室 政風室掌理分署政風事項。