本分署轄管包括花蓮溪水系、秀姑巒溪水系等各主支流之河川界點以下公告的河川區域及一般性海堤、海岸保護工各12座，行政區域包括花蓮縣全境及台東縣池上鄉與海端鄉之一部份。南北長約140公里，東西寬約27～43公里，區內西有中央山脈、地勢陡峻、高山林立，東有海岸山脈高在200～600公尺之間，兩山脈間之縱谷平原為精華地區，惟平均面積僅佔約13%，其中河川即佔6%左右，故河川縱橫，防洪安全為本分署主要課題。
○河川治理及維護
○花蓮海岸治理及防護
海堤: 14座，保護工12座，總長度13.77 Km
●第一區段：
為和平溪口至立霧溪口段為中央山脈東測，屬斷層岩岸，山海相連，因此本段不設任何保護工，如清水斷崖段。
●第二區段：
立霧溪口至花蓮溪口段為立霧溪、三棧溪、美崙溪、吉安溪及花蓮溪等諸河系之沖積層，花蓮縣人口約36萬，約有半數集居於此，為東部之精華區，需要建保護工者也多在此段，如南濱海岸段。
●第三區段：
花蓮溪口至秀姑巒溪口段為海岸山脈東側，山勢雖不高，坡度仍顯陡峻，台地面積有限。海岸線的自然景觀優美，故原則上不另設保護工，如牛山段。而台11線公路沿岸，原則上由公路單位負責防護。
