花蓮溪流域位於台灣東部花蓮縣內。北接吉安溪，南界秀姑巒溪流域，主流花蓮溪原名紅巖溪，源出中央山脈拔子山嘉農溪之上游及海岸山脈之加蘭溪（加路蘭溪）。東流入花東縱谷後，延縱谷平原北流，在花蓮市南郊化仁注入太平洋。本溪為花東縱谷平原三大水系之一，亦為全台25條中央管河川之一。流域行政區包括花蓮溪境內之光復、萬榮、鳳林、壽豐、吉安、秀林等六鄉鎮。
主幹流全長57公里，流域面積1,507平方公里，主要支流有木瓜溪、壽豐溪、萬里溪、馬鞍溪及光復溪，支流坡陡流急，夾在兩大山脈之間縱谷，正是溪水匯聚的地方，然後溪水分向縱谷兩端開口流出，而注入太平洋。
