秀姑巒溪流域跨花東兩縣，北接花蓮溪流域，南與卑南溪流域相鄰，主流秀姑巒溪發源於中央山脈崙天山南麓，東流入花東縱谷後，受海岸山脈阻擋，乃沿縱谷平原向北流，在匯納兩岸諸水後，於瑞穗鄉舞鶴山前再折轉向東流，並以其巨大侵蝕力橫切海岸山脈，在豐濱鄉大港口附近流入太平洋。流域行政區域包括台東縣之海瑞、池上與花蓮縣的富里、卓溪、玉里、瑞穗、萬榮、及豐濱等八鄉鎮。
秀姑巒溪流域為花東縱谷平原三大水系之一，流域面積1,790.46平方公里，主流全長81.15公里，為全台25條中央管河川之一。主要支流有五條均在左側，由北至南依序為：富源溪、紅葉溪、豐坪溪、卓溪及樂樂溪。
秀姑巒溪流域之下游，包括瑞穗鄉瑞美村以東至豐濱鄉港口村之間約21公里河段，因在山中蜿蜒，侵蝕峽谷斷層，加上溪谷兩岸林相壯麗，奇石異峰連綿不斷，造成極特殊之綺麗景觀。同時，該河段之河面時而寬大平緩，時而狹窄急湍，其間尚有21處河灘，如操舟順流而下，涉急灘、越漩渦，生動刺激，聞名遐爾之秀姑巒溪激流泛舟，即在此段。