紅葉溪發源於虎頭山，海拔高度從190~1,906公尺，呈西北高、東南低，介於萬榮鄉及卓溪鄉，該溪為卓溪鄉與萬榮鄉的界河，集水區呈南北走向。紅葉溪從中央山脈向東流入縱谷與秀姑巒溪會合，北岸形成5個不同高度的河階。紅葉溪最著名的是分別位於河道兩岸的紅葉溫泉與瑞穗溫泉，紅葉溫泉位於花蓮縣萬榮鄉紅葉村，紅葉村是因早年擁有大量楓樹，以楓紅而得名，近年來已積極復植讓紅葉地如其名；紅葉溫泉其泉源在紅葉溪支流加星山東麓，和瑞穗溫泉及安通溫泉號稱花東縱谷的三大知名溫泉區，較接近市區街道的瑞穗溫泉被稱為外溫泉，較靠近山區的紅葉溫泉就叫做內溫泉。