一、灘地受人為干擾致環境品質不佳(D1)
花蓮溪流域有著山川海的自然地景，其上游兩岸分別為中央山脈及海岸山脈在內的山林，轉換至中下游河谷平原有著大面積田野景觀，出口海則為重要濕地，水綠基盤非常完整。然因花蓮溪本身為多砂辮狀河川，僅花蓮溪主流、木瓜溪、壽豐溪、萬里溪及馬太鞍溪等大型主支流之灘地面積相對較大，惟多有頻繁的人為活動干擾，包括花蓮溪主流及木瓜溪有大面積的許可種植區，荖溪下游河川區域內左岸土地多年來經違法佔用作為養殖魚塭，壽豐溪內有礦業用地設置，各大型支流與主流匯流處的砂石採取，以及垃圾棄置問題等，導致可利用的灘地空間實則有限。
河川區域有垃圾棄置問題，如花蓮溪主流與木瓜溪有西瓜田棄置塑膠布等問題，導致洪水來臨將塑膠布與垃圾帶入河道，致河川遭受汙染疑慮。雖目前本分署與花蓮縣政府環保局、農業處等單位在河川區域內有執行之聯合稽查制度，且花蓮縣環保局亦登錄有河川區域垃圾之棄置熱點，後續應就此提出相關作為。
目前僅壽豐溪河川區域內仍有礦業用地。民國 106 年初，地球公民基金會等環保團體即開始向立法院倡議《礦業法》修法。在目前的法規下，「新設立礦業權」需要通過環評行政院會於民國 111 年 5 月 10 日三讀通過《礦業法》修正草案中與河川區域相關之修法重點包括：刪除主管機關依法駁回礦業權展限申請案之補償規定。
依據花蓮溪河川區域內現況，盤點屬水利法第 78 條規定之禁止行為，包含花蓮溪出海口斷面 0-1~00 左岸之洗石工廠，其範圍涵蓋部分屬河川區域，現況雖屬私有地，但其使用行為屬水利法第 78 條第 4 款：「建造工廠或房屋」之禁止行為。
二、河川與部落人文歷史斷鍊(D2)
花蓮溪水系與許多原住民族部落傳統文化有著重要連結，尤其阿美族人生活的區位大多臨海或鄰近溪流，漁獲是其重要的食物來源，也成為祭儀的一部分，阿美族人基於對海神的自然崇敬，傳統於每年 5~6 月，會在部落附近的河流或是海洋舉辦「捕魚祭」，是阿美族人的重大節慶之一，顯見，河海對於阿美族人的重要性。然隨著時代演變至今，原住民族的傳統文化的傳承原本就已不易，加上河川環境的變化與防洪設施的阻隔，也導致河川與部落人文歷史更加缺乏連結，如里漏部落八年一次的船祭是花蓮海岸河口重要文化祭典，且祭典場域位於河口太陽廣場，鄰近有待建堤防(東昌堤防)預定河段，但在過去相關計畫活動、平台鮮少受到邀請參與，故應思考水岸治理與水岸環境營造的同時，如何將原住民部落的傳統人文歷史與水環境融合，讓傳統部落文化得以保留並延續。
三、堤後帶狀空間未有效利用(D3)
花蓮溪水系防洪設施與水防道路完整且具連續性，然僅部分河段有利用此帶狀空間設置帶狀綠廊及自行車道。在帶狀綠廊部分，本分署近年雖積極進行綠化，但堤後坡與水防道路景觀品質單調，缺少能遮陰的喬木，降低親近水岸之意願，無法發揮鍊結流域內豐富資源之功能；而水防道路設置自行車道部分，現況水防道路設置自行車道者較少，且斷點多、不連續，與流域內台九線之環島 1 號線、吉安鄉自行車道、兩潭自行車道(南段)、鯉魚潭環潭自行車道、鳳林自行車道、光復自行車道及大農大富平地森林園區自行車道等綠色動線系統串聯有限。
為有效提升水岸綠化，提供可遮陰之綠色廊道，提升使用者親近水岸之意願，同時兼顧生態及碳匯需求雙贏，應檢視花蓮溪流域內水岸性質，包含堤段設施形式(混凝土、混凝土砌石或土坡)，是否具有水防道路，以及現況是否有種植喬木綠化等條件，作為後續辦理水岸植樹區位之優序擇定參考。
四、聚落與水岸關係疏遠(D4)
花蓮溪流域內森林使用與農業使用土地即占 87.8%，各單一鄉鎮人口不高於 1.7 萬人(吉安鄉人口較多但集中於美崙溪流域)，除兩岸人口密集之聚落有限外，僅吉安鄉之光華及干城地區、秀林鄉之銅門、榕樹及文蘭地區、壽豐鄉之平和、光榮、壽豐及月眉地區、鳳林鎮之林榮、萬榮及長橋地區，以及光復鄉之光復、太巴塱地區等距離水岸較近外，其餘人口較為密集之聚落距水岸均超過一公里，加上並無設置指標與導引系統，導致聚落與水岸間之連結有限，在地民眾對於日常水岸休閒遊憩利用的需求相對較低。