一、氣候變遷導致溢淹風險(A1)
本計畫將各控制點之降雨增加百分比視為洪峰流量增加百分比，採民國105年「花蓮溪水系治理規劃檢討」分析之近期水文量作為基準，推估氣候變遷AR5 RCP8.5情境下之洪峰流量，其中氣候變遷流量較計畫流量有增幅之河川包含花蓮溪主流、木瓜溪、荖溪、壽豐溪、北清水溪、鳳林溪及光復溪等，前述河段相較於公告計畫流量，氣候變遷情境流量增幅約1%~25%，增幅最大25%位於荖溪之(樹湖溪匯流前)，其他增幅多屬20%以內，花蓮溪河口控制點增幅約11.9%。
氣候變遷情境流量於保護標準重現期時，有7處斷面有無法通過氣候變遷流量之疑慮，包括鳳林溪斷面14A、18A、19A左右岸、花蓮溪主流38、39左岸以及光復溪斷面54與71之左岸，後續需持續關注風險控管；至於木瓜溪、荖溪、壽豐溪與北清水溪等支流即使在氣候變遷情境下，全段亦未有出水高小於零之斷面，僅於局部斷面有出水高不足之問題。壽豐溪則全段皆可滿足出水高2公尺之標準。
二、水道仍有溢淹風險(A2)
本計畫更新民國110年大斷面測量成果，檢視現況花蓮溪於公告計畫流量下，已完成施設堤防且出水高不足河段，主要以花蓮溪主流、荖溪、北清水溪、鳳林溪、光復溪及馬佛溪，考量已建堤防河段雖無溢堤風險，若發生破堤仍可能溢淹致災。另部分區域排水尚未整治完成：包括平和農場排水、樹湖溪排水、鳳義坑排水與大華大全排水等區域排水兩岸低地有積淹情形，包括受外水影響所導致之溢淹等，亟待改善。
三、老舊堤段破堤風險(A3)
花蓮溪水系部分堤防護岸老舊，雖經構造物安全檢測顯示暫無立即性危險，但仍可能因堤身強度不足，除較難以抵擋洪水沖刷或帶來礫塊石之撞擊，亦可能降低堤身耐震度，致破堤風險增加。參考九河局智慧河川管理平台，光復溪之大興一號堤防、大興二號堤防、北富三號堤防最近一次修建年份甚至分別為民國68、69、70年，超過40年以上未修建，其中北富三號堤防堤後有聚落及國小等公共設施，故建議應定期檢視堤防設施及堤前灘地情況。
四、河相變化劇烈危及防洪構造物(A4)
花蓮溪水系為多砂辮狀型態，尤其主流、木瓜溪、壽豐溪、萬里溪及馬太鞍溪等大型河川之河槽擺動幅度相當大，導致防洪設施基礎保護工面臨洪水沖刷淘空流失威脅，部分堤防近20年修復次數甚至達3次，如木瓜溪左岸初英二號堤防、花蓮溪左岸壽豐堤防等。另相關河相特性影響之子課題有「河相變化劇烈，灘地變異範圍大，易危及防洪構造物」、「辮狀河川易形成河道中灘地」、「河道局部窄縮導致流況不佳」。
五、高灘地侷限流路沖擊堤岸(A5)
花蓮溪辮狀河川河床沖淤激烈，流路大幅擺盪，且部分河段受制於灘地佔據河幅面積過大，使得流路河槽長期偏向單側河岸，造成經常性的沖刷而破壞，如木瓜溪左岸灘地約占據一半河幅，使流速加速及流路逼近右岸志學堤防，導致堤防面臨高度破壞潛勢。
另外，荖溪與花蓮溪滙流處左岸河段現存一定規模之魚塭，依民國105年「花蓮溪水系現存魚塭對通洪影響分析計畫」說明，若發生50年重現期以上之流量，現存魚塭即可能因花蓮溪水位上漲而發生淹水情況。
六、河道土砂沖淤失衡(A6)
依據民國109年風險評估報告成果顯示，花蓮溪水系因河道坡度相對較陡，部分河段仍呈現沖刷潛勢，惟部分河段坡度較緩或是主支流交會處之沖積扇有淤積情形。
另外，易崩塌山區之土砂下移後，亦有可能影響河道土砂平衡。由於花蓮溪流域山區地質屬破碎的片岩組成，不連續面發達，堆積物的結構鬆散，雨水滲透率極高，易形成自然滑動面，遇極端降雨山區坡地易有土石崩落。另流域內除有多條土石流潛勢溪流外，農委會林務局委託國立成功大學自動判釋崩塌地亦顯示流域內有多處崩塌地。可見花蓮溪流域未來仍透過集水區保育降低土砂沖蝕及土石崩塌風險，避免集水區土砂大量下移造成災害。