花蓮溪流域整體改善與調適願景及目標上，在依循民國 109年 4 月「中央管流域整體改善與調適計畫(110~115 年)」所揭示之「韌性承洪，水漾環境」為指導原則的前提下，應可延續「花蓮溪河川環境管理計畫」研提之整體願景(SLOGAN)：山林田野一碧萬頃，水綠瀲灩悠遊洄瀾。依整體願景，本計畫提出花蓮溪流域在水道風險、土地洪氾風險、藍綠網絡保育及水岸縫合等各面向之改善與調適願景與目標詳細說明如後。
一、水道風險
(一)願景
花蓮溪水系河道坡度變化大，中上游屬陡坡急流河川，近年花蓮溪主支流兩岸防洪設施均已大致完成，經過多場颱風豪雨考驗，顯示花蓮溪治水工作推動至今有一定成效。整體而言，中上游河段多為天然森林，植被覆蓋良好，下游河段除主要都市計畫區(壽豐、鳳林及光復)外，兩岸多屬自然田園景觀，土地利用強度相對較低，且流域之調適亦應跳脫傳統以水道治理(線)為主，防洪不再以堤防高度唯一考量，透過土地管理及洪水分擔策略(面)，打造國土韌性承洪，目標由下而上改善社會面對洪水風險之調適能力，本計畫將花蓮溪水道溢淹風險之改善與調適願景定位為「安全為導向，低衝擊為前提，有限度河川治理」。
(二)目標
1.導入科技防災監測確保河道通洪能力與防洪設施構造物安全
應導入科技化管理維護及科技防災提高堤防安全，針對老舊堤防進行有計畫的非破壞性檢測及堤腳沖刷的安全監測系統，降低堤岸破壞所帶來的洪災風險衝擊，減少災損。各階段目標如下：
(1)短期目標
A.完成部分深槽逼近防洪構造物基腳之河道整理工程
B.定期進行防洪設施構造物安全檢測
(2)中期目標：恢復或增加河道深槽通洪能力
依據民國109年「花蓮溪水系風險評估」之分析成果，花蓮溪水系共計有5處河段因河道淤積導致深槽寬度窄縮，通洪能力下降，危及防洪安全，需進行河道疏浚與灘地削掘，以確保河道通洪能力。故中期目標可設定為完成該5處河段之灘地削掘疏濬工程，放寬流路，減緩流速，將河道內淤積土石清離河川區域外，以穩定流路，並增加河道通洪斷面。
(3)長期目標：以〝以順應河相、調適為先〞為前提調整治理計畫
當花蓮溪水系依治理計畫完成防洪治理，並透過河道整理、灘地削掘疏濬、囚砂區設置，粗粒料回歸、水土涵養等達成各項短中期衡量指標後，整體河相應可逐步穩定。然花蓮溪水系為多砂辮狀河川，河川特性敏感且變動程度大，仍應持續滾動檢討，故長期目標可設定為以〝順應河相、調適為先〞為前提調整治理計畫，盡量降低工程措施比例，經由更多監測系統等智慧管理的導入，確保河防安全。
2.不增加河道計畫流量
花蓮溪水系雖治理工程已屬完備，但防洪設施保護能力有其限度，在面臨氣候變遷威脅下，應以不再增加水道計畫流量為目標，以非工程措施因應，並結合土地承洪降低洪災損失。其短中長期目標如下：
(1)提升民眾對非結構式減災措施接受度
(2)持續精進智慧河川管理系統
3.導入兼容安全與生態環境之治理手法
預計辦理或規劃中之整治工程均應評估採取NBS作法之可行性，以融合自然為本的治水思維，在考量風險承擔的概念下，讓防洪設施能取得與環境、生態間的平衡。各階段目標如下：
(1)短期目標：導入逕流分擔措施及在地滯洪等調適策略
(2)中長期目標：整治工程應落實NBS精神
4.促進流域內長期整體土砂之運移平衡，減少土砂災害發生風險
(1)短期目標：崩塌地及野溪治理
(2)中期目標：保安林地(土砂捍止)面積零淨損失
(3)長期目標：臺灣電力公司東部發電廠堰壩上游粗粒料回歸下游河道
二、土地洪氾
(一)願景
花蓮溪流域各支流中上游多維持原始樣貌或低強度之土地使用型態，近年淹水災害亦多屬為水道兩岸低地內水排除不易所致。因此依循流域調適之精神，未來之流域治理應跳脫傳統以水道治理(線)為主，防洪不再以堤防高度唯一考量，透過土地管理及洪水分擔策略(面)，打造國土韌性承洪，目標由下而上改善社會面對洪水風險之調適能力，因應氣候變遷的挑戰。本計畫將花蓮溪流域土地積淹風險之改善與調適願景定位為「國土規劃協作，建構承洪耐淹體系」。
(二)目標
1.透過國土規劃工具協作提升承洪韌性
目前正值國土計畫推動之際，有許多國土法可資運用之工具如流域特定區域計畫、縣市國土計畫之部門空間發展計畫、成長管理策略、氣候變遷調適策略及土地使用管制規則等，可用以協作，應以水土共營角度提升國土承洪韌性。各階段目標如下：
(1)短期目標：研擬各類國土功能分區調適原則
(2)中期目標：研擬提升承洪韌性之土地使用管理原則
(3)長期目標：針對建築開發行為規範開發附帶條件
2.推動逕流分擔與在地滯洪
水利防洪設施保護能力有其限度，因應氣候變遷衝擊，流域內土地開發區域仍具淹水潛勢，應導入逕流分擔與在地滯洪措施，由「水道與土地共同承納洪水」。各階段目標如下：
(1)短期目標：推動媒合1處在地滯洪
(2)中、長期目標：推動都計區公共設施用地設置透保水或滯蓄洪設施
三、藍綠網絡面向願景與目標
(一)願景
花蓮溪流域上游集水區以保安林與林班地為主，棲地類型主要為中海拔的山區森林，其餘非管制區域中游集水區則是森林與農耕及聚落鑲嵌而成的淺山地景；下游則逐漸轉變至濕地與農耕為主的地景，同時也是國土綠網積極關注的淺山生態系，記錄過如石虎、穿山甲、食蟹獴、臺東間爬岩鰍、彩鷸、金線蛙、日本鰻鱺等關注物種。過去人為活動之發展所致棲地破碎化與生態廊道斷鏈，應透過本計畫盤點流域課題，推動藍綠網絡保育策略，以修復流域的生態系功能，進而達到人與自然和諧共榮的願景。因此，依循「國土生態保育綠色網絡合作協議」，將花蓮溪藍綠網絡保育願景定位為「改善破碎棲地與生態廊道，鏈結生態網絡」，並以提升關注物種的棲息範圍及物種數量，創造河川環境生態系之服務價值為目標，相關目標如后：
(二)目標
1.恢復及確保河川廊道之縱橫向連結，做為串連海岸與中央山脈生態系之核心骨幹
花蓮溪水系位處海岸山脈與中央山脈之間，肩負串連兩山脈連結與兩地區生物基因交流之重責大任，為此生態環境核心骨幹，其重要性不言可喻。基此，應使橫向構造物友善水中生物縱向遷徙、創造水陸域交界緩衝區、提升堤防綠覆率等方式恢復及維持花蓮溪水系生態廊道之縱橫向連結。衡量指標說明如下：
(1)短期目標
A.確保縱橫向生態廊道之連結性(至少三處)
B.銀合歡面積減30%
(2)中期目標
A.花蓮溪河口重要濕地面積零淨損失
B.銀合歡面積減量
C.持續確保縱橫向生態廊道之連結性
(3)長期目標
A.恢復水陸域交界緩衝區
B.全面移除銀合歡
2.保護及營造水陸域棲地多樣性，提升關注物種的棲息範圍及物種數量為目標，創造河川環境生態系之服務價值
透過水陸域交界緩衝區、水域棲地環境、設立洄游性生物廊道重點保護區等措施，使兩側洄游性魚種及河海洄游魚種棲地範圍及數量增加，亦提升如菊池氏細鯽等珍貴稀有物種數量增加，並維持生物基礎生產量，達到生態服務系統之支持價值。其衡量指標說明如下：
(1)短期目標
A.至少80%的工程導入生態檢核機制
B.辦理至少3處重點式生態調查或自然資源管理計畫
(2)中期目標：補充完成系統性動植物資源及棲地環境調查
(3)長期目標：指標物種數量增加，並維持生物基礎生產量
3.水質保育管理：以源頭污染減量優先，維護綠色永續水環境基質
(1)短期目標
A.全河段之年平均水質皆為未(稍)受污染
B.增設各支流水質測站
(2)中期目標：全年全河段水質皆為未(稍)受污染
(3)長期目標：全河段水質符合公告之花蓮溪水體分類標準
4.優先涵養集水區水源，落實重要水源保護區保育
(1)短期目標：強化保安林(水源涵養)綠色網絡平台
(2)中期目標：流域內保安林地(水源涵養)面積零淨損失
(3)長期目標：流域內造林面積大於損失或砍伐面積
5.確保河川維持環境基流量，營造生態多樣的水環境
(1)短期目標：各引水目的事業單位保留基本放流量
(2)中期目標：各引水目的事業單位保留完整環境基流量
(3)長期目標：訂定合理的水資源分配使用準則
四、水岸縫合面向願景與目標
(一)願景
花蓮溪兩岸中、上游分別為中央山脈及海岸山脈之原始山林，擁有豐富的天然生態資源，流域內無論是於水道或兩岸地區過往皆有相當多之保育生物調查記錄，在此基礎下，花蓮溪整體改善應以減量為策，透過水域生態環境的提昇及近水空間之形塑，由流域出發，盡可能保有河川原始樣貌，縫補破碎綠帶，並以堤內資源串聯為主軸，串聯周遭景觀特色、生態環境、在地文化等，營造多樣化的水岸藍帶風貌，完善花蓮溪左右兩岸及流域上下游整體的休憩網絡。基此，花蓮溪之水岸縫合改善與調適願景定位為「減量與克己，鏈結流域資源」，以減量為主軸，避免導入過多人工設施，以補綠改善沿線堤防空間為主，相關目標說明如後：
(二)目標
1.串聯水綠網絡，透過堤岸綠廊鏈結資源：以補綠為主軸，建構水岸綠廊，創造藍綠帶整合的休閒路線，提升可及性
(1)短期：建立水岸綠色遮蔽廊道
(2)中、長期目標：河道洪水位以上空間進行補植
2.在地文化融入水岸空間：承襲在地文化發展脈絡，將部落文化導入空間規劃中，重新喚起在地民眾對水文化之認識
(1)短期：水岸後續治管理應考量關聚落文化利用需求
(2)中長期：與在地部落合作河川巡守工作