一、藍綠網絡保育改善與調適策略
為達成流域藍綠網絡保育之目標、落實國土生態保育綠色網絡合作協議、維護棲地與物種多樣性、提升生態系服務，更進一步達到人與自然共存共榮之願景，以下針對本計畫所提之各項關鍵課題，研提保育改善與調適策略，策略分述如下：
(一)落實生態友善
工程除配合生態檢核外，更需落實各項生態友善施工措施以降低擾動，過往工程對生態棲地造成之最直接影響便是棲地的割裂與破碎化，嚴重影響生態廊道之連結性，因此現今工程亦需執行生態首善設計。且由於多重因素使然，花蓮溪流域內外來種入侵嚴重，衝擊本地生態系平衡。部份治理工程執行時，可以考量若工程區位、機具與時程可以配合，應可一同移除外來種。
(二)提升藍綠網絡連結與河川廊道棲地品質
生態與工程並非零和關係，而是有機會相輔相成，或是在僅輕微損及生態的情況下達成工程目的。在棲地縮減與破碎化日益嚴重的現今，改善並維護河川及其與綠帶之藍綠網絡連結為花蓮溪流域重要改善方向，亦有助於提升生物在氣候變遷及開發壓力中的調適能力。
(三)依污染源改善水質提升生物多樣性
水質改善可優化花蓮溪流域水環境，不僅嘉惠水域生物棲息環境，亦使人在乾旱越趨頻繁的氣候下有更多水資源可利用。故應針對污染區域釐清水污染來源，評估該區域適合改善水質之方式。
(四)智慧管理水資源降低河川斷流風險
花蓮溪水系不論是自然斷流或人為取水導致的河川流量不足，均使水域生物棲息空間受到壓縮，導致棲地與生物多樣性皆下降。由於全球正在面對「豐越豐、枯越枯」氣候變遷帶來的變化，對溪流生態、漁業經濟、水資源的利用衝擊將更加明顯。因此設立水量站，透過智慧管理水資源，確實掌握用水量予以管理，使水資源不浪費，亦有助於減緩斷流情形。
(五)減輕入侵種族群造成的環境壓力
入侵種壓迫原生生態系造成劣化問題，一面提高原生物種的生存優勢，提升改善原生種偏好之棲地特性，減少棲地中對原生物種不利而對入侵種有利的條件，提高原生種族群數量，使其較能與入侵種抗衡。另一面可藉由移除入侵種配合營造入侵種不適生之環境，減少其族群數量、增加其生存壓力。同時應宣導以避免民眾隨意放生動物進入野生環境，或栽植拓展能力強之外來種植物，且公部門亦需避免將所移除的外來種移至別處野放，以減少外來種入侵原生生態系的機會。
(六)提升公私部門跨域合作及環境知識力
河川生態的保育讓在地社群的共同參與甚為重要，透過環境教育的方式，讓地方社群注入生態保育的觀念，藉此提升與培養地方居民對地方之認同感，再透過環境教育行動與機關共同解決環境問題，如此一來才能有效地持續推動河川相關工作。
二、藍綠網絡保育改善與調適措施
(一)水質監測
1.擴大水質監測、稽查
灘地種植普遍使用農藥及化肥、養殖水體廢水之水質不佳，且行政院環保署於花蓮溪水系設置之常態水質監測站，僅針對花蓮溪、木瓜溪、荖溪，壽豐溪以及萬里溪，較難以掌握花蓮溪水系之水質情況，因而有擴大水質監測稽查之必要。
(二)水質改善
1.強化淤積疏濬及河砂開採管理
包括盡量縮短施工期程，減少對河道之擾動及避免急遽提高河道內懸浮固體濃度。
2.新設水質淨化人工濕地與維運
可於堤外灘地放流水排放處設置人工濕地再次淨化放流水，除有效提升水質，並使灘地陸域保有多樣生態環境。
3.友善農業輔導(包含農地膜推廣)
包含：1.採用綠色保育標章；2.朝向產銷履歷的方向前進；3.召開友善耕作、有機轉作等技術性輔導課程；4.推廣農膜回收機及可分解生質複合農地膜；5.河川區域種植規定納入友善農耕規範
4.聚落污水處理系統建置
採聚落污水處理系統建置，利用較短時間、較簡易的工法達到減污減量。
(三)有效用水
1.目的事業取水口設置流量站
為掌握現況取水及需水量，短期建議配合農水署，針對重要取水口設立流量站與監控設備。
2.因應氣候變遷降低用水量：推動節水灌溉、農作轉型
因應極端氣候造成的極端降雨或連續幾個月不降雨現象，應推動節水灌溉及農作轉型。
3.因應氣候變遷推動水資源合理使用
可先利用一般經驗法估算河川環境基流量，並遵守每100km2需有0.10cms至0.135cms之義務排放量進行管理。
(四)水源涵養
1.上游集水區植樹造林強化水源涵養方案
包含：1.保安林經營管理；2.森林資源維護與保育
(五)棲地研究
1.指認辮狀河川之棲地類型，及與自然同工的棲地復原方式
透過掌握河川特性、界定河川廊道等步驟，有系統的定義出河川廊道，作為改善或重建水陸域棲地連結之參考。
2.棲地指認：建立河川生態廊道棲地圖
透過生態調查建立河川生態廊道圖資，呈現關注棲地、自然棲地與不利棲地，以回饋河川局之尋常管理。
(六)水域廊道
1.新設友善設施：定期辦理生態調查，評估設施成效
納入計畫型生態檢核，以生態系統服務功能的完整性做系統性的考量，避免持續生態系統劣化。
2.既有橫向構造物：配合生態調查，辦理廊道改善設計
透過攔河堰上下游河段詳細之生態調查進行確認，方可據以提出關注物種及適當的保育措施。
(七)陸域廊道
1.指認水系涉及陸域廊道潛在改善區位
人工構造物使洄游性生物無法上溯至河川中上游，或是切斷陸域動物移動路徑，因此指認潛在改善區位便為關鍵課題。
2.辦理指認區域陸域廊道改善措施規劃設計
如於適宜處造林、上下游河灘地連接、營造較高區域供偏好走乾地的動物利用等等。
(八)外來種
1.辦理入侵種分布現況評估與移除
可增加入侵種的生存壓力，如此可相對地降低原生種生存壓力而有機會較快提高優勢。
2.專案或配合工程施作辦理銀合歡移除及原生種補植
建議應於工程移除銀合歡後配合補植原生種至其可產生足夠的遮蔭，才達成移除銀合歡之效。
3.持續辦理銀合歡移除及原生種補植
需持續辦理銀合歡移除及原生種補植。
4.工程原生種移植保留區推動
當進行治理工程且有原生種樹木移植需求時，將受影響之既有原生植物移植至樹木銀行區域，做為相關工程或後續工程之植栽。
(九)教育宣導
1.原生種辨識、外來入侵種改善、移除及防治教育推廣
建議可搭配上述水域外來入侵/原生入侵種分布現況評估與移除措施，同步執行外來種防治教育推廣。
2.結合歲時祭儀文化，辦理原生物種辨識環境教育
環境辨識教育可結合水系內部落歲時祭儀文化(如阿美族捕魚祭)一併推動。
(十)擴大協力
1.擴大花蓮溪河川環境巡守隊規模、輔導在地部落成立河川巡守組織
配合花蓮縣環保局於花蓮溪流域內成立巡守隊，結合民間團體力量，鼓勵主動認養河川，並透過巡查認養河段，加強水環境巡守。
2.公私協力保育原生種源棲地
建議應優先找到合適的部落/社區，成立原生種源棲地保育隊，針對自身周遭溪流做守護與觀察。